Αμέτρητα είναι τα εκκλησάκια βυζαντινά και προ βυζαντινά μοναστήρια, γεμίζουν τις γωνιές τόσο του Πυθαγορείου όσο και ολόκληρης της Σάμου. Στο βουνό πάνω από το Πυθαγόρειο βρίσκεται η Παναγιά η Σπηλιανή. Από τη μυθολογία αναφέρεται σαν σπηλιά του Απόλλωνα και ιερατείο του Θεού. Επίσης συνδέεται άρρηκτα με τις θρησκευτικές παραδόσεις των Σαμίων αφού αποτέλεσε έναν από τους πρώτους τόπους λατρείας τα πρώτο-χριστιανικά χρόνια. Το 1943 χρησιμοποιήθηκε σαν κρυσφήγετο κατά τους βομβαρδισμούς του 2ευτέρου Παγκοσμίου Πολέμου. Από εκεί ψηλά ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει την θέα προς την πλαγιά που καταλήγει στο Πυθαγόρειο και την θάλασσα που του ανοίγεται στον ορίζοντα.
Το κάστρο του Λυκούργου λογοθέτη
Το κάστρο του Λυκούργου λογοθέτη, ηγέτη των Σαμίων κατά των Τούρκων στην επανάσταση του 1821, κατασκευάστηκε σε υπολείμματα αρχαιολογικών κτισμάτων, για τις ανάγκες της επανάστασης και στέγασε το στρατηγείο των Σαμίων στην προσπάθεια να διώξουν τους Τούρκους. Έχει μήκος 400 μέτρα.
Χτίστηκε το 1824 με την συνδρομή όλων των Σαμίων για να ενισχύσει την άμυνα κατά του Ο θωμανικού στόλου. 2ίπλα στο κάστρο είναι χτισμένος ο μεγαλοπρεπής ναός της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος που εορτάζεται κάθε χρόνο στις 6 Αυγούστου ημέρα κατά την οποία το 1824 σώθηκε η Σάμος από την ορμή των Τούρκων.