Στο Πυθαγορείου υπάρχουν μερικές από τις καλύτερες και πιο όμορφες παραλίες της Σάμου.

1. Γλυκόριζα

Η παραλία Γλυκόριζα βρίσκεται λίγο πριν το Πυθαγόρειο. Πάνω από την παραλία βρίσκεται το ξενοδοχείο Γλυκόριζα εξου και το όνομα της παραλίας. Η παραλία διαθέτει γαλάζια σημαία και υπάρχει ναυαγοσώστης από τις 9:00 το πρωί μέχρι τις 17:00. Επίσης μπορεί κανείς να πιει το ποτό του ή τον καφέ του όπως επίσης και να φάει στην καφετέρια και το εστιατόριο του beach bar που διαθέτει το ξενοδοχείο. Έχει χώρο για παρκινγκ. Η παραλία έχει ψιλό χαλίκι έξω και άμμο μέσα στην θάλασσα.

2. Πυθαγόρειο

Η παραλία Πυθαγορείου ξεκινάει από το κάστρο του Λυκούργου Λογοθέτη και συνεχίζει μέχρι το ξενοδοχείο Doryssa. Είναι μια παραλία ενός χιλιομέτρου σχεδόν. H παραλία είναι αμμώδες όπως και η θάλασσα στο εσωτερικό της. Τα ξενοδοχεία που βρίσκονται κατά μήκος της, την έχουν εξοπλίσει με ξαπλώστρες και ομπρέλες για τα άτομα που επισκέπτονται την παραλία. Επίσης διαθέτει beach bar και χώρο για τους λάτρεις του beach volley. Επιπλέον νοικιάζονται και λαμβάνουν χώρα water sports για όσους τους αρέσει να κάνουν θαλάσσια σπορ.